O Desafio CSI na Escola leva os alunos a desenvolverem seu raciocínio lógico, capacidade de resolução de problemas e senso de investigação através do estudo de um caso de crime no qual pistas e amostras podem ser coletadas e comparadas. Nesse caminho, os estudantes aprendem conceitos relacionados a genética, fisiologia e zoologia, tudo isso enquanto buscam desvendar o autor do crime e sua motivação.